Με έναν συγκινητικό λόγο ο Νίκος Φιλης έκανε τον απολογισμό του έργου του στο υπουργείο Παιδείας, επισημαίνοντας πως για πρώτη φορά η δουλεία στο συγκεκριμένο υπουργείο έγινε με μία δομική διαφορά από κάτω προς τα πάνω, ρίχνοντας το βάρος στα νηπιαγωγεία, τα δημοτικά σχολεία τα γυμνάσια και στην περιθωριοποιημένη ειδική αγωγή, ενώ στο τέλος της ομιλίας του μίλησε και για το επίμαχο θέμα της αποπομπής
«Ολοι βρισκόμαστε στις θέσεις μετά από εντολή του λαού και του πρωθυπουργού. Προβλήματα δεν επισημάνθηκαν στις συναντήσεις μου με τον πρωθυπουργό ενώ ήταν πολύ θετικές οι αναφορές στο έργο μας και στο νέο υπουργικό συμβούλιο. Ξαφνικά, το άριστα 20 μετατράπηκε σε ένα μήνα σε μη προβιβάσιμο βαθμό», σημείωσε.
«Ποιος κάνει λάθος, ο γαλαντόμος καθηγητής που ξαφνικά βάζει χαμηλό βαθμό ή ο μέχρι χθες άριστος μαθητής;
Οσο αυτά δεν εξηγούνται πειστικά, η πρόταση για αλλαγή σχολικού περιβάλλοντος δεν μπορεί να γίνει δεκτή.», τόνισε αναφερόμενος προφανώς στις προτάσεις που δέχτηκε για μετακόμιση σε νέο υπουργείο.
Ο κ. Φίλης υπογράμμισε ότι η παρουσία του στο υπουργείο Παιδείας δημιούργησε ορκισμένους εχθρούς, αναφερόμενος στη διαμάχη με την Εκκλησία.
Τόνισε δε ότι «οργανώθηκε συμβόλαιο πολιτικού θανάτου εις βάρος μου, στη συνέντευξη Ιερώνυμου στον ΣΚΑΙ και τον Αλ. Παπαχελά. Ζητήθηκε από τον πρωθυπουργό η καθαίρεση του προβληματικού υπουργού στον ανασχηματισμό».
Κατηγόρησε τον Αρχιεπίσκοπο για ευθεία πρόκληση προς το πολιτικό σύστημα και επικίνδυνη ρητορική, αναφερόμενος στην «όψιμη αντίδραση του Ιερώνυμου στη δημιουργία τεμένους, παρά τη συμφωνία του προκατόχου του, την ακροδεξιά ρητορική και την προσχώρηση στο αντιχριστιανικό δόγμα ότι η Εκκλησία μοιράζει ψωμί μόνο στους Έλληνες.»
Χαρακτήρισε δε ορισμό της παραθεσμικής συμπεριφοράς εκ μέρους της Εκκλησίας την απομάκρυνση υπουργού από την κυβέρνηση.
Πόσο θα συνυπάρχει η έρευνα και η παιδεία με την Εκκλησία στο ίδιο υπουργείο, διερωτήθηκε και ζήτησε, στην επερχόμενη συνταγματική αναθεώρηση να τεθεί επί τάπητος ο διαχωρισμός κράτους – Εκκλησίας